Баерн е првата екипа која се пласира во четвртфиналето на Лигата на Шампионите, елиминирајќи ја екипата на Салцбург. Првиот натпревар заврши нерешено 1:1, но во реваншот Баерн триумфираше со убедливи 7:1 и со вкупниот резултат 8:2 оди понатаму. Роберт Левандовски ги доведе домашните во водство по само 12 минути игра, погодувајќи од пенал (12 ′). Девет минути подоцна полјакот повторно реализираше од пенал за 2:0 (21 ′). Додека две минути, Левандовски го комплетираше хет-трикот со гол од непосредна близина по брз контранапад (23′). Со овие три гола за 23 минути тој стана и првиот играч на Баерн кој постигнал хет-трик за толку кратко време во историјата на Лигата на шампионите. Баерн не застана со овие три гола, а Серж Гнабри го постигна четвртиот по асистенција на Коман (31 ′).
И во вториот дел „баварците“ доминираа од секој аспект, со Томас Милер кој го постигна петтиот гол по асистенција на Сане (54 ′). Сè што направи, Салцбург беше почесниот гол кој го постигна Кјаергард по асистенција на Аронсон (70 ′). На седум минути пред истекот на регуларното време, Милер повторно излезе на сцената и го постигна вториот личен гол (83′). Победата на Баерн ја запечати Лирој Сане по асистенција на Левандовски (87.).
Баерн Минхен се пласира во четвртфиналето и противникот ќе го дознае по ждрепката.